Wspólna Polsko-Niemiecka Komisja Podręcznikowa została utworzona w lutym 1972 r. pod egidą Komitetów ds. UNESCO w obu krajach. Przez długi czas była jednym z niewielu forów dialogu między społeczeństwami Polski i Republiki Federalnej Niemiec. Uczestniczyli w nim przeważnie historycy i geografowie, do których dołączyli także pedagodzy, dydaktycy oraz wydawcy podręczników.

Pierwszych 14 Zaleceń dla polskich i niemieckich autorów podręczników zostało opublikowanych dzięki polsko- niemieckiemu dialogowi historyków i dydaktyków w lutym 1972 r.

Polska i Niemcy oficjalnie potwierdzają wsparcie dla działalności Komisji Podręcznikowej w polsko-niemieckim układzie o dobrym sąsiedztwie z 17 czerwca 1991 r. art. 25, pkt. 5 „Prace niezależnej polsko-niemieckiej Komisji do spraw podręczników szkolnych będą nadal popierane.” Komisja działa niezależnie od władz politycznych - dokument archiwalny.

ministrów spraw zagranicznych Polski i Niemiec dla szczególnych zasług w rozwoju stosunków polsko- niemieckich została przyznana Komisji Podręcznikowej. Wśród laureatów nagrody znajdują się między innymi Tadeusz Mazowiecki, Andrzej Szczypiorski, Robert Traba oraz Hans Koschnick.

Projekt rozpoczął się oficjalnie w maju 2008 r. Powstał wówczas polsko-niemiecki zespół projektowy, w którego skład weszli naukowcy i politycy z obu krajów. Po opracowaniu koncepcji w latach 2008-2010 od 2012 r. zespół projektowy współpracuje z polsko-niemieckim tandemem wydawniczym.

W uznaniu za opracowanie podręcznika "Europa. Nasza historia / Europa. Unsere Geschichte" Komisja została odznaczona nagrodą Viadriny.

W roku 2018 na konferencji podręcznikowej w Zamościu zawiązała się Grupa Robocza Nauczycieli i Nauczycielek, która weszła w skład Komisji Podręcznikowej. Od grudnia 2021 cztery przedstawicielki Grupy Roboczej zasiadają w Prezydium Komisji. W roku 2023 r. do Prezydium dołączyły kolejne dwie osoby z grona nauczycieli i nauczycielek.

W dniach 13-15 czerwca 2019 r. odbyło się doroczne posiedzenie Prezydium Wspólnej Polsko-Niemieckiej Komisji Podręcznikowej. Po raz pierwszy w 50-letniej historii prac Komisji jej członkowie spotkali się nie w Polsce czy w Niemczech, ale w Europejskim Biurze Stowarzyszenia Leibniza oraz w Domu Historii Europejskiej w Brukseli.

Z punktu widzenia polityki naukowej i edukacyjnej projekt ma ogromne znaczenie dla stosunków polsko-niemieckich. Obie strony dają w ten sposób wyraz woli uwzględnienia w nauczaniu historii doświadczeń historycznych sąsiada oraz intensyfikacji dialogu naukowego na tematy historyczne.

W dniach 30.06.2022-2.07.2022 na Uniwersytecie Warszawskim odbyła się konferencja naukowa z okazji 50- lecia istnienia Komisji Podręcznikowej.