Wspólna Polsko-Niemiecka Komisja Podręcznikowa została utworzona w lutym 1972 r. pod egidą Komitetów ds. UNESCO w obu krajach. Przez długi czas była jednym z niewielu forów dialogu między społeczeństwami Polski i Republiki Federalnej Niemiec. Uczestniczyli w nim przeważnie historycy i geografowie, do których dołączyli także pedagodzy, dydaktycy oraz wydawcy podręczników.
Powołanie do życia Polsko-Niemieckiej Komisji Podręcznikowej stanowiło wczesną próbę odejścia od narodowego spojrzenia na historię, dokonania analizy zarówno kwestii łączących obydwu sąsiadów, jak i będących zarzewiem konfliktu między nimi, a także wypracowania wspólnego obrazu przeszłości. Służyły temu przyjęte w 1976 r. i zaprezentowane opinii publicznej obu krajów „Zalecenia Komisji UNESCO Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej i Republiki Federalnej Niemiec do spraw Podręczników Szkolnych w Zakresie Historii i Geografii”. Wywołały one długie i gwałtowne spory, zwłaszcza w Republice Federalnej Niemiec. Ówczesne kontrowersje wokół zaleceń pokazują, w jak trudnych okolicznościach historycznych przyszło swego czasu działać Komisji i jak drażliwa była w obu społeczeństwach tematyka polsko-niemiecka.
Polsko-Niemiecka Komisja Podręcznikowa działa obecnie w zupełnie innych warunkach. Kontakty między obu krajami są dziś intensywniejsze niż kiedykolwiek przedtem, a polscy i niemieccy naukowcy mogą się spotykać i współpracować ze sobą na rozmaitych płaszczyznach. Mimo to Komisja pozostała jedną z najbardziej rozbudowanych sieci kontaktów naukowych, opartych na zaufaniu i długoletniej współpracy.
Komisja, która już w latach dziewięćdziesiątych skoncentrowała się na opracowywaniu materiałów dydaktycznych, wydała serię publikacji tematycznych, adresowanych do nauczycieli z obydwu krajów. Obecnie jest jednym z najważniejszych podmiotów uczestniczących w pracach nad polsko-niemieckim podręcznikiem do historii.